В общем, и у меня таких проблем не наблюдается. Пробную модификацию проекта я не сохранил. Попытался воспроизвести проблему, сконфигурировал по новой OPC, и всё нормально работает...
Хотелось бы ещё узнать вот что.
1) Так же как и на Вашем скриншоте появляется предупреждение типа "There are 1 configured variable which are not referenced by the IEC code."
Что это и чем грозит? Вроде бы переменные все "нормальные", чем они не нравятся?
2) В проекте ОП нужно будет использовать примерно 1,5 тыс. переменных, и выбирать их мышкой по объекту Symbol Configuration будет, наверное, утомительно.
Может быть есть какие-то инструменты по импорту/экспорту тегов.