да тут учёный люд доказывает что мол точно будет если делать вычитание аппаратно...
Тогда учитывая, что сигнал с термопары - постоянное напряжение (в смысле + и -), то самый простой аппаратный способ это включить их последовательно и встречно (+ к + или - к -) и с полученной цепочки снимать разность