Только если это отдельно созданные файлы.
Все переменные теряются.
Программа начнет исполняться с нуля.
Обратите внимание, что программа в контроллере уже работает в цикле, выполняясь от начала до конца каждый раз...

Кроме того случая, если Вы просто "обновили" программу, и конечный код не изменился. При загрузке CoDeSys спрашивает у Вас что делать.