Некоторые рекомендации (в принципе аккумулирующие все вышесказанное).
Контроллер уже работает в цикле.
Контроллер уже может управлять входами и выходами - Вам об этом думать в принципе не надо.
1. Настройте конфигурацию контроллера. Подключите датчики, отмасштабируйте, убедитесь, что работает.
2. Создайте простую программу на языке, аналогичном тому, на котором программировали AVR. Скорее всего это st (аналог паскаля). Простую - это не вентиляцию простую, а пустую программу, на которой можно посмотреть как работают таймеры, детекторы фронтов, счетчики. Как все это вызывается, запускается, сбрасывается.
3. PLC_PRG должна быть всегда в проекте, кроме тех случаев, когда Вы работаете с многозадачностью. В Вашем случае это абсолютно не нужно, так как у Вас все алгоритмы связаны между собой (управление тем, или инным узлом). Ну не логично клапан калорифера регулировать с одним периодом, а заслонки с другим... Зачем?
4. Для наглядности и простоты реализации можно делать программные модули (отдельные POU на любом удобном языке) аналоги библиотек для AVR. И уже вызывать эти блоки в основной программе.

Много примеров, в том числе как организовать вызов блоков можно найти на форуме, в разделе ПЛК\Примеры программ и полезности.