Про переворот байтов мне знакомо, но я "0" пишу в один регистр
BYTE * b.....
b[7] = 16;//MODBUSWRITEFUNC; //Function
b[9] = 16;//outputIndex; //Starting Address Lo
b[8] = 0;//outputIndex<<8; //Starting Address Hi
b[11]= 1;//newoutcnt; //Quantity Registers Lo
b[10]= 0;//newoutcnt<<8; //Quantity Registers Hi
b[12] = 2; //Bytes Count
//данные на запись
//......
//......
b[13] = 0;
b[14] = 0;

получаю в регистре 771(т.е. по "3" в каждом байте),при изменении значения на запись ничего не меняется... а если я пишу 6 функцией всё отлично работает без всяких переворотов и прочей ерунды