Советов нет. Тупик что ли?
Я ведь не ищу готового решения (было бы вообще шикарно). Я прошу подкинуть идею и м.б. развить её всем вместе до полноценного приложения. На крайняк просто поговорить о существующих возможностях, чтоб люди, прочитав пост, либо обламывались с ходу и не тратили свое время на изыски, либо имели пищу для размышления.

Как первый (блин комом) вариант: в очередной сеанс связи ПК с ПЛК первый передает некую команду, мол надо обновлять ПО. Далее, например, ПЛК поднимает второй канал связи и принимает исполняемые файлы и пишет в файловую систему ПЛК под временными именами. Затем основную прогу тормозим, удаляем устаревшие файлы, переименовываем принятые и как-то перезапускаем ПЛК.

Что скажете? Воплотимо?