День добрый.
Дабы проверить нагруженность ПЛК используйте модуль статистика, он вам потможет понять на сколько сильно загружен процессор.

1) Официально ПЛК110 работает только с библиотекой Pid_regulators. Вторую можно попробовать использовать, но ее ни кто не тестировал.
2) Если нужно делать опрос модулей, то ПЛК должен выступать мастером, модуле слейвами.
3) Не сильно. Это фоновая задача, а в цикле выполняется ваш алгоритм.
4) Нет не будут. Но лучше 3 ФБ в одной программе. На мой взгляд так правильнее.
5) сами библиотеки ни чего не тормозят. На время цикла влияют модули, которые вы из них вызываете. Чем сложнее модуль, тем большее влияние на цикл он даст.
6) Что в вашем понимании большая программа?