1. Программировать из под TM нельзя. Не хочет Adastra с контроллерами под Linux работать... только под Win...
2. Определитесь с тем, какие функции выполняет SCADA. Просто индикация, необходимо управлять выходами... Если второе - то при написании программы для ПЛК в CoDeSys это необходимо реализовать.
3. Настройки всех портов для обмена со SCADA настраиваются Вами. Подробнее об этом документ по PLC Configuration.