неправильным путем вы идете товарищ.
речь вообще об Sfc или о Cfc???
программу на Cfc останавливать не нужно.
возможность перевода в ручной режим\управление руками закладывается в сам алгоритм программы, а преобразования должны быть всегда, как вариант просто в конце программы.

с Sfc все сложнее - там надо предусматривать переход в ручной режим как параллельную\алтернативную ветвь