попробуем по-русски:

я запускаю codesys, подключаю к нему ПЛК154-220-АМ, и запускаю проект на выполнение (alt+F8 без эмуляции). К входам AI 0-1 и AI 0-2 подключаю 12В адаптер через переменное сопротивление (для возмодности изменения входящего сигнала). на каждый вход свой. На выход АО 1-0 подключаю цифровой мультиметр, и пытаюсь зафиксировать хоть какие-то изменения или напряжения или сопротивления. При нажатии старт в Codesys, программа правильно фиклирует изменения входящей величины, и показывает значение выходящей. Но на мультиметре и сопротивление и напряжение - const. Другие же выходы AO имеют нулевое значение и сопротивления и напряжения.

Вопрос что не так?
и что значит
пустым проектом без вашей программы
. это как?