1. вопрос софтверный и зависит от цикла плк по тому что так реализован цикл плк и обмен с внешними драйверами. если время вычислений занимает много времени - у плк не остается времени на сервисные функции, и опрос энкодеров.
2. контроллеры на производстве прошиваются той прошивкой, которой должны прошиваться. существование новых прошивок не влечет их обязательной передачи в производство.
3. если у вас энкодеры работали на вашей старой прошивке с вашей программой - надо было оставить эти прошивки и программу, и попытаться понять почему перестало работать: то ли задачу увеличили (вычисления, обмен по интерфейсу) то ли энкодер поменяли\стали использовать большее количество импульсов...