Таки я не понял - Вы знаете что делать, или это такая форма просьбы о помощи у Вас странная???

Не надо пытаться кому то рассказывать про олимп, и тем более "пытаться снять".
Начните с малого, и задайте себе вопросы - а может я что то не додумал... не дочитал... может не такой это и олимп, а я не центр вселенной... Мне помогает

В чем вопрос?
1. В проекте не хватает библиотек:
- Наверное необходимо добавить библиотеки, подключить их в проекте... каких библиотек не хватает CoDeSys пишет. Где хранятся библиотеки и как их подключать черным по русски написанно в документации по CoDeSys.
И никакие директории менять не надо - надо просто хранить все библиотеки нужные в папке, куда CoDeSys их по умолчанию определил, и в менеджере библиотек указать где они храняться. А если бы все оставляли библиотеки в директории по умолчанию, то ничего бы и указывать не надо было... только добавить библиотеки в эту директорию.
2. У Вас библиотеки другой версии...
- Наверное надо заменить библиотеки на более новые\старые...
Как это сделать - см. п.1
Библиотеки практически не изменяются, тем более внутренние (которые в ПЛК прописаны). И по этому если Вы подключили (переподключили) библиотеку и все скомпилировалось - можно работать.

Для "неолимпийцев":
С ПЛК идет диск, на котором выложены все библиотеки и писания к ним...
Для совсем не олимпийцев мы выложили копию диска с разбиением на папки и целиком на сайте, создав специальный раздел. Но кто бы пытался разобраться - к богам то проще апилировать