при большой загруженности CPU прочими задачами может пропустить импульсы ?
Или в любом случае CPU найдет время для гарантированного считывания без потерь ?
Обработкой входов и выходов занимается отдельный сопроцессор (PRU).
CPU просто обменивается с ним данным (в рамках вашего случая - считывает кол-во импульсов и оборотов).
Потеря кадра при обмене CPU и PRU - довольно маловероятная ситуация.