Добрый день.

Какую выбрать
"CODESYS-библиотека со структурами, соответствующими правилам кодирования"

почему?
Потому что остальные варианты предназначены для редких специфических ситуаций и в основном используются разработчиками CODESYS и компаний-производителей ПЛК.
За исключением "пустой библиотеки" - этот вариант просто неудобен.

Получается что бы мне скомпилировать библиотеку, то нужно включать такие библиотеки как Standard и Util?
Именно так.

Но они тогда будут повторять те же библиотеки, которые уже есть в проекте
Это совершенно нормально.