Добрый день.
В вашем случае - хороших способов нет.

История тренда сохраняется в виде файла .sqlite по пути /home/root/CODESYS_WRK/PlcLogic/trends
Вы можете подключиться к контроллеру через WinSCP и выкачать этот файл на ПК.
Далее как-то обработать его на ПК (например, удалить некоторые или все записи) - см. документацию на SQLite - после чего загрузить отредактированный файл обратно в СПК.
С некоторой вероятностью (не 100%-ой) это может решить вашу проблему.