Отвечу и я, раз сам спрашивал.
Сделать можно и регистрами и битами - как удобнее.
Если ты новичок и не умеешь работать с битами - то для начала можешь завести под каждый вход свой регистр. В этом случае нужно будет использовать BOOL_TO_WORD() для преобразования с тексте программы на CodeSys.
Но зато при этом в облако добавится всё автоматически.
Если более опытный - то под каждый вход свой бит (16 битов = 1 регистр). Но тогда в обакле надо будет вручную добавлять битовые маски под каждый бит из регистра, потому что автоматический экспорт в Облако не сработает.