А для головного CPU можно выбирать что будет общим проводом для входов плюс или минус?
Это от схемотехники зависит, где-то универсальные, где-то только минус, где-то только плюс.

У некоторых забугорных ПЛК есть схемы подключения. Так вот минус ПЛК должен быть подключен к шине N проводником. А не напрямую. Тогда в случае чего ток уйдет по шине, а не через клеммы ПЛК.