Переустановите полностью (с удалением target-файлов) Codesys и установите target-файлы, соответствующие текущей прошивке контроллера. У меня такое было, когда я перешил ПЛК63 на меньшую версию, а Codesys упорно не хотел использовать target-файл с меньшей версией.