В эмуляции время цикла ПЛК около 64 мс, что значительно отличается от цикла живого ПЛК (1-5-10 мс), так что в эмуляции время отличается.
Кстати TON не лучший вариант, если нужно точное время, используйте расчёт времени через функцию Time();
а ещё лучше брать время из самого ПЛК через биб-ку, там есть возможность корректировки времени.