Добрый день.

Как можно решить мою проблему?
Использовав другой USB- или SD-накопитель. Желательно - не загрузочный.
То, что флешка отображается в конфигураторе (когда запущен Linux) - не имеет существенного значения, так как процесс обновления прошивки начинается в начальном загрузчике, у которого более жесткие требования к характеристикам накопителей (таймингам и т. д.).