К сожалению, холодный сброс (возврат на заводские настройки?) - не знаю как сделать, не подключившись к ПЛК.
Может есть какая комбинация стоп+сброс?

Старый проект заново не комплировал - то есть все файлы старые, и Codesys это понимает, не выдаёт сообщения о том, что проект на ПК и ПЛК разные.