Добрый день.
По проекту причину вашей проблемы определить не получится.
Могу только порекомендовать уменьшить время задачи MainTask до 20 мс.
Если при потере связи перезапустить COM-порт (с помощью переменной COM_PORT_OPEN) - связь восстановится?
Какое еще оборудование находится в шкафу вместе с СПК?
По возможности - обеспечьте удаленный доступ в момент потери связи.