Добрый день.
Создайте новый пустой проект, добавьте в него пару RETAIN и PERSISTENT переменных.
В режиме отладки присвойте им какие-то значения (Отладка - Записать значения) и проверьте, что они сохраняются после перезагрузки реального контроллера.

Если сохраняются - то проблема в вашем исходном проекте. Скорее всего, где-то в нем происходит некорректная работа с памятью (указатели, массивы и т.д.).
См. в подписи ссылку на статью про отладку.