Проблема была в том, что CODESYS был установлен не в режиме полной установки (complete) - поэтому все нужные плагины отсутствовали - из-за этого не получалось создать проект из шаблона (потому что, например, ему нужен плагин визуализации).
После переустановки CODESYS в режиме полной установки - проблема решилась.