Добрый день.

Какую версию CODESYS V3.5 устанавливать?
Зависит от версии прошивки контроллера. На нашем сайте есть удобный выбиратор, который предоставляет все нужные ссылки:
https://owen.ru/product/codesys_v3/s...ogramirovaniay

И можно ли установить две версии CODESYS V3.5?
Да.

Прошу также пояснить, что такое (новые прошивки) и (заводские прошивки) для СПК107[M01] ?
Заводские - это те, которые зашиваются в контроллер при его изготовлении на заводе.
Новые - доступны только на нашем сайте. По желанию пользователь может обновить прошивку самостоятельно.
Периодически мы обновляем прошивки на заводе.

Если установить CODESYS V3.5 SP14 Patch 3 или CODESYS V3.5 SP16 Patch 3 можно ли будет работать с СПК107 ?
CODESYS V3.5 SP16 Patch 3 не подходит для СПК107[M01] (заводские прошивки)
Ответ на оба вопроса - мы настоятельно рекомендуем использовать для программирования контроллера именно ту версию CODESYS, которая соответствует его прошивке (точнее - системе исполнения CODESYS в данной прошивке).
Технически - опытный пользователь может использовать одну (самую новую из требуемых) версию CODESYS для программирования контроллеров с разными прошивками и системами исполненения.
Но для начинающего пользователя это, скорее всего, обернется массой ненужных проблем с тасованием версий библиотек, версий компилятора и т.д.
Поэтому лучше установить на ПК все нужные вам версии CODESYS - учитывая размер современных SSD/HDD, несколько дополнительных занятых гигабайт не должны создать проблем.