Зайдя в онлайн с применением изменений
подобные действия могут быть печальным
Совершенно с вами согласен. Цитата из справки CODESYS:

Код:
Depending on the controlled plant, the plant and workpieces may be damaged or the health and life of persons could be endangered.
https://help.codesys.com/webapp/_cds...rsion=3.5.17.0

CODESYS - это не РСУ типа PCS 7, "горячее обновление" здесь реализовано достаточно топорно и сопряжено со значительным количеством потенциальных проблем.
Я в процессе обучения наших сотрудников всегда комментирую, что самый разумный вариант - никогда не использовать online-change в CODESYS.