но я же этот блок исключил
Нет, не исключили. Вы, вероятно, считаете, что wCRC16Val занимает последние 2 байта структуры - но из-за выравнивания памяти это может быть не так.
Управлять выравниванием можно с помощью атрибута pack_mode:
https://help.codesys.com/webapp/_cds...rsion=3.5.17.0

Добавление в объявлении структуры атрибута со значением 0 должно позволить вам достичь ожидаемого результата.