Здравствуйте, Александр.

Не ясно, что именно у вас там происходит. Ответьте, пожалуйста на следующие вопросы:
1. Как проявляется рассогласование? Что вы делаете и что при этом происходит?
2. Как именно вы подключили трансформатор? Если схема не соответствует тому, что приведено в РЭ, нарисуйте её, пожалуйста.

Я не могу понять, как может проявиться рассогласование - ведь для этого рассогласования нужны сигналы от разных фаз, а для прибора, подключённого по схеме Б.5 фаза как бы одна - он видит один комплект сигналов.

Я не рекомендую вам использовать нестандартное подключение прибора - это может привести к выходу его из строя.