У вас энкодер с выходом line driver (TTL, RS-422). Удивительно вообще, что контроллер что-то считает.
Вам нужен энкодер с выходом open collector 24 V , что бы все коректно работало.
...да - удар ниже пояса..... - хорошо что они уже были куплены до меня

А можете объяснить почему только этот тип энкодеров будет работать?

Нашел полное описание:
http://autonics.ru/upload/data/E40S,...-09-0060L).pdf

насколько понимаю мне нужны NPN open collector output из описания.... Посмотрите пожайлуста, чтобы купил правильно спасибо.