Все, что хранится в библиотеке Локальная доступно только в данном проекте и ни в каком другом, т.е. никаких папок создаваться и не должно.
В случае создания новой пользовательской библиотеки происходит создание папки с библиотекой внутри C:\Users\Public\Documents\MasterSCADA4D\Libraries. Эту библиотеку, в отличие от Локальной, уже можно подключать в другие проекты.
Для того чтобы разорвать связь объекта с библиотечным объектом, нажмите ПКМ по объекту, выберите пункт Сменить тип. Далее выберите библиотечный объект, с которым надо разорвать связь, и нажмите Очистить наследование.
Диалог смены типа.png