Если кому интересно, то произошло следующее: в эксплуатации во время испытаний стырили флешки с контроллеров. Поэтому он начал писать архив во внутреннюю память и естесственно забил ее, вследствие чего возник этот глюк.
Решение от ТП Овена следующее (так действительно проще, чем прошивать заново встроенное ПО ):
1. Загрузите в ПЛК пустой проект (без архивов) или остановите рантайм (в putty команда ./mplc4/init_mplc4.sh stop)
2. При изъятой флешке нужно удалить из папки /mnt/ufs/media/ папку sda1. Это можно сделать с помощью программы WinSCP (подключение производится так же, как и к putty; по умолчанию логин root, пароля нет)
3. Перед установкой флешки в ПЛК рекомендуется ее отформатировать (fat32, стандартный размер кластера).
4.После чего отключить питание ПЛК, установить флешку, подать питание и загрузить нужный проект.
В дальнейшем извлечение флешки проводить либо при отключенном питании, либо при остановленном рантайме.

Возможно стоит перенести пост в ветку с ПЛК110 MS4D