Скорее всего компилятор берет выражение PLC_PRG.MyVector[1].MyOutput AT %QX1.0 не как декларацию а как обращение.
Видимо нужно объявить массив указателей на ФБ. Потом объявить экземпляры ФБ например fb_1:myFB;...fb_n:myFB

Привязывать как fb_1.MyOutput AT %QX1.0: BOOL
и проинициализировать массив указателей на fb.

Игорь Викторович, возможно есть не такой корявый метод?