перезагрузив проект ни коим образом Вы не очищаете ретайны, они хранятся в отдельном файле не зависимо от проекта
во вторых, 99 ошибка наступает когда программа не может достучаться до модема, за некоторое количество попыток

Скорее всего отключение питания кратковременное и модем успевает сброситься и начинает инициализацию а плк в это время еще работает от акб и программа не уходит в стоп, соответственно возникает ситуация не получения ответа

Возможно нужен отсчет времени, после поднятия бита питания в модуле статистики и только по истечении запускать в работу блок FB_SMS_SR