Наверно, никак. Только перезагрузка ПЛК.
Если работаете удаленно и ПЛК М02, то в ПЛК-Броузер есть команда rebooT
Похоже, очистку надо вешать на событие СТОП. При заливке новой программы. старую система сначала останавливает, что вполне разумно.
Так, по крайней мере, у меня всё заработало.