Добрый день.
Есть и у нас такая проблема на сыроизготовителях. Там тоже датчики в трубке длинной метра 2.
Делаем именно так, как Вы и планируете. В трубу опускаем маленький датчик. Только выяснилась одна проблема, при образовании конденсата датчик замачивался и начинал привирать. Поэтому мы заказывали и применяем сейчас водонепроницаемые датчики. И всё работает.
Так что ничем заполнять не надо. Она у Вас сама конденсатом заполнится, потому как условия эксплуатации схожи.
У Вас пивоварня, у нас молкомбинат. Оборудование и техпроцесс схожи.
С уважением.