Ставлю метку на валу, за пару пробегов каретки вперед-назад смещение ощутимое. Осуществлять перемещение необходимо с точностью 0.1 мм, один импульс энкодера равен 0.01мм, люфты механики не учитываются.
Ваша механика вообще не имеет люфтов ? Как раз из-за люфтов и может происходить то что у вас.