Вопрос снимается, т.к. было найдено решение. С официального сайта www.insat.ru была скачена последняя версия MasterSCADA 4D. В результате чего была обновлена целевая платформа в самом ПЛК и конвертирован проект в новую версию. Указанные проблемы ушли, значительно увеличилась скорость отклика ПЛК, но появились другие мелкие проблемы. При конвертации частично слетели действия на клик мыши на функциональных элементах, но данная проблема была поправлена в кротчайшие сроки.

По результатам работы с ПЛК и средой MasterSCADA 4D можно сказать, что у платформы имеется большая перспектива и инновационная составляющая, но и также множество мелких проблем, которые являются серьезными подводными камнями данной системы.