В Лоджике энергонезависимая переменная она и выходная и входная. Желательно чтобы вы привели простейший пример, демонстрирующий проблему.

Если проблема в том, что программа после пропадания питания перезаписывает энергонезависимую переменную до использования её сохраненного значения, то решением может быть запрет на её запись в момент включения. Для этого в точке записи переменной делаем SEL с обратной связью себе в нулевой вход, на который подаем единицу через линию задержки. Тем самым первый такт работы программы переменная будет сохранена.