Если прокт был загружен с исходным кодом, то см FAQ , п. 9.5. Как выгрузить проект с контроллера . В этом случае у Вас будет файл проекта CoDeSys, который можно в дальнейшем модифицировать и загрузить обратно в контроллер.
Если нет, то нужно подключаться к файловой системе и скачать уже скомпилированный проект, в этом случае редактирование невозможно.