В Вашем случае контроллер в MS добавляется только через ОРС. Если Вы хотите добавить контроллер в MS напрямую, то необходим кнтроллер с инчталлированой средой исполения MasterLogic. Пока мы таких не продаем, но скоро будем
ОРС-сервер у codesys бесплатный, устанавливается вместе с дистрибутивом. Инструкция по настройке ОРС-сервера есть на нашем форуме в разделе ПЛК всякие полезности.

Удачи!