Ну по поводу как платить и получать от этого удовольствие, подозреваю, что кодесис все же должен быть на контроллерах. PC контроллером быть не может и точка.(Хорошие исключения - компы в промышленном исполнением под промышленной OS.) Библиотек по modbus бесплатных под линукс подавляющее большинство. Можно навскидку назвать rllib.
К третьему вопросу - умный, в коммунизм не верю, и сообщаю медицинский факт 3S Software больше не продает разработчикам ядро второго кодесис. Только третий. Лицензии на производимые ПЛК под второй конечно продаются.
По поводу покупки среды кодесис. Софт в россии продавать практически невозможно, редкий майкрософт продаст до половины лицензий (остальное пиратка). Соответсвенно, приходится производителю включать стоимость лицензии на среду в стоимость контроллера. Тут возможны варианты. В Польше, например, кодесис платный.