C# работает только на Windows. MasterSCADA 4D это кроссплатформенное приложение. Программы вы можете писать на любом из языков стандарта МЭК 61131-3.
С# сейчас действительно работает в среде разработки для автоматизации разработки проекта.
На С++ вы можете разрабатывать свои компоненты, например, Фб специфические, протоколы для опроса устройств и т.п.
Какую задачу вы хотите решить в MasterSCADA 4D при помощи С# скрипта?