Разобрался с проблемой. В моем проекте используется симулятор изменения уровня в баке (цикл суммирования), проблема была в нем, какой-то сбой при "пробуждении" в нем происходил, и как следствие -1.#QNAN появлялся далее по цепочке везде где используется уровень бака. Решение было таким: раз в 5 секунд записывается текущий уровень в отдельную переменную. На входе ПИД-регулятора стоит блок DECODE_FLOAT, который выдает ошибку не равную нулю, если на входе неведомая хрень по типу -1.#QNAN. Далее условие, если ошибка не равна нулю, то в текущий уровень записывается значение из переменной, где раз в 5 сек сохранялся уровень. Теперь после "пробуждения" проблем нет.