Внимательно смотрите на свои функциональные блоки. весьма вероятно, что переменные сохраняются и в момент старта программы считываются, и тут же, в результате работы функционального блока перезаписываются другими значениями, например потому , что функциональный блок на входах имеет не такие значения, как на момент выключения, а совсем другие.