Там основная проблема в быстродействии с оптопарами согласования. PRU - это встроенная внутрь кристалла хрень, и соответственно вывод доступен через шину для любого процесса.
Ну и какой процессор обрабатывает сигналы энкодера в режиме Fast Encoder, PRU или основной ?