Попробуйте не обрабатывать, а просто записывать в 4-х байтную переменную.
Суммирование значения счетчика из регистра счета:
C:dword;
оттуда(из счетчика), M:word;

C:=C + ((оттуда - M) and 65535);
M:=оттуда;

Если будут пропуски, то ПЛК не справляется.
Реально он считает 5-6кгц.