С чего бы это? Таймеры TON и иже с ними работают на основе внутреннего времени с момента старта. Стандартное поведение всех таймеров такого типа на всех ПЛК на основе CoDeSys
Если хочется такого поведения, как Вы описываете - используйте время из библиотеки SysLibTime и в ретайн сохраняйте время старта. Придётся сделать свой собственный ФБ.