Все критичные по времени действия надо делать в прерывающей подпрограмме, которая стабильно вызывается каждые 40 мкс. Все прочие действия можно делать в основном цикле.
Имеется ввиду "System events -> Timer 20mks"?
Если оно реально может что-то выполнять раз в 20мкс, то должно подойти.