конфигуратор предназначен для последовательного конфигурирования модулей.
если Вы меняете тип модуля для подключения, то конфигуратор необходимо перезапустить, т.к. он подтягивает таблицу параметров модуля при запуске.
какая версия конфигуратора? зависание конфигуратора с портом не наблюдается на большинстве ОС , даже на 10ке.