не надо не чего обнулять... просто в программе вычитаешь из нового значения то которое было при прошлом считывании (если новое больше), если новое меньше то значит мы прошли уже через 65535 и число импульсов будет новое значение + 65535-старое значение. Как то так. Но все равно ошибка будет из-за неточности временных интервалов и времени опроса модуля. (небольшая)